Il primo nucleo della Collezione fu costituito dalla Cassa di Risparmio di Pisa che, seguendo un indirizzo tradizionale delle Casse di Risparmio dell’epoca, negli anni fra il 1950 ed il 1980 acquistò in modo talora casuale, opere d’arte, anche importanti. provenienti in prevalenza dal Territorio.
Alle opere d'arte, per la maggior parte dipinti di grande interesse storico-artistico, si aggiunsero negli anni successivi alcune donazioni di collezionisti e di artisti del territorio. La raccolta, conservata nella sede della banca, non era tuttavia aperta al pubblico.
Alla sua nascita, la Fondazione ha acquistato l’intera collezione della Cassa, proponendosi l'obiettivo di renderla fruibile al pubblico e di arricchirla con acquisti selettivi di opere importanti, collegate alla storia ed alla cultura del territorio pisano per autore, committente o tema.
Al polittico di Agnano di Cecco di Pietro si sono così aggiunti tele dei maggiori pittori pisani del seicento come Orazio ed Artemisia Gentileschi, i Ritratti Roncioni di Desmarais, opere di autori del periodo della macchia, come Luigi Gioli, sculture di Nino Pisano e del Tribolo e l’intera raccolta di Ottavio Simoneschi, comprendente pitture, monete e mobili antichi.
La Fondazione stanzia annualmente una cifra rilevante per nuovi acquisti, fra i quali ultimi segnaliamo la prese di prevesa di Jacopo Ligozzi ed il ritratto di Curzio Ceuli di Orazio Riminaldi.
La collezione che presenta, attraverso opere di grande importanza ed eccellente qualità, una storia dell’arte pisana dal trecento ad oggi, è ospitata nelle sale del palazzo con un allestimento che ricostruisce dove possibile con l’arredo originale, alcuni ambienti dell’antica dimora signorile offrendo occasioni di grande suggestione.
L'ingresso alle collezioni della Fondazione Pisa è gratuito.